Alignment 算分方式要人命呀
唔，太亂了，所以我也不知道該怎麼講？
直接看 Score Matrix 吧，兩句測試句分別為”N T Q T E E R K M”以及”J N T T E E R S M”。
這是 global alignment 的結果：
N T Q T E E R K M
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
J 1 1 2 3 4 5 6 7 8 9
N 2 1 2 3 4 5 6 7 8 9
T 3 2 1 2 3 4 5 6 7 8
T 4 3 2 2 2 3 4 5 6 7
E 5 4 3 3 3 2 3 4 5 6
E 6 5 4 4 4 3 2 3 4 5
R 7 6 5 5 5 4 3 2 3 4
S 8 7 6 6 6 5 4 3 3 4
M 9 8 7 7 7 6 5 4 4 3
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
J 1 1 2 3 4 5 6 7 8 9
N 2 1 2 3 4 5 6 7 8 9
T 3 2 1 2 3 4 5 6 7 8
T 4 3 2 2 2 3 4 5 6 7
E 5 4 3 3 3 2 3 4 5 6
E 6 5 4 4 4 3 2 3 4 5
R 7 6 5 5 5 4 3 2 3 4
S 8 7 6 6 6 5 4 3 3 4
M 9 8 7 7 7 6 5 4 4 3
猜猜看 align 出來的結果應該是什麼？
合理的答案是
M N T Q T E E R K M
J N T – T E E R S M
唔，接著是 local alignment 的結果：
N T Q T E E R K M
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
J 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
N 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
T 0 0 2 0 1 0 0 0 0 0
T 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0
E 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0
E 0 0 0 0 0 1 3 1 0 0
R 0 0 0 0 0 0 1 4 2 0
S 0 0 0 0 0 0 0 2 3 1
M 0 0 0 0 0 0 0 0 1 4
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
J 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
N 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
T 0 0 2 0 1 0 0 0 0 0
T 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0
E 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0
E 0 0 0 0 0 1 3 1 0 0
R 0 0 0 0 0 0 1 4 2 0
S 0 0 0 0 0 0 0 2 3 1
M 0 0 0 0 0 0 0 0 1 4
合理的答案是
N T Q T E E R K M
N T – T E E R S M
結果呢，因為我笨 
，所以把 local alignment 扣的分數設為 2 分，造成我的 algorithm 亂掉，弄的 global 成功 local 失敗，local 成功 global 失敗！
唉，再多加油吧！！花了這麼多天來證明自己是個白痴的感覺…還可以啦。:$
五月 28th, 2005 at 12:10 上午
您好：
最近我也在苦思這個algorithm，偶然間看到您的blog，
不知道是否可以請教您這個DP的細部設計，
若要紀錄所有Dot Matrix，
當sequence非常長的時候，space不就必須存很多@@…
實在想不出來，祈望您不吝指點迷津。
感謝~~
五月 29th, 2005 at 12:00 上午
唔，沒錯呀，pair-wise 來算的話，seq 長 space 一定也大，所以您的問題是？
五月 30th, 2005 at 1:53 上午
我用Perl寫，
在trace遞迴路徑的時候，
記憶體似乎爆掉哩！
不知是否演算法有錯呢?
能否請教您的寫法呢?
感謝~~
五月 30th, 2005 at 9:39 上午
Text-Sentence-Alignment
這裡看看吧，source 都在這。
六月 3rd, 2005 at 11:53 上午
您好~~研究了幾天，
感謝您的程式讓我懂了不少，
想另外請問您的是，
local alignment如果分數都同高的數段區域，
可以個別列出segment嗎?
不好意思~打擾您囉~
三月 18th, 2008 at 4:29 下午
原來我有沒回的 comment :p
要個別列出, 就 maintain 一個 BEST array , 記錄個別的 MAXIMUM